CCF走进高校第1241场

敬请关注

由中国计算机学会（CCF）主办，CCF生物信息学专委、哈尔滨医科大学承办的CCF走进高校活动，将于2025年4月11日在哈尔滨医科大学召开，敬请关注。

会议时间：2025年4月11日（周五）下午13:30

会议地点：哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院学术报告厅

报告题目：面向单细胞染色质可及性数据解析的新方法 scAGDE

报告摘要：基因表达受暴露在基因组可及染色质区域的数百万个活性DNA调控元件的调控。单细胞转座酶可接近染色质测序（scATAC-seq）技术通过超活性Tn5转座酶探索染色质可及性景观。因此，scATAC-seq通过对染色质可及性的分析，提供了超越转录组测量的细胞异质性显著见解，揭示了单细胞水平的表观遗传调控机制。然而，在全基因组分析过程中，开放染色质位点的捕获率相对较低，导致scATAC-seq数据的高维性和稀疏性，这对分析带来了巨大挑战。本报告将介绍一种基于图深度学习的单细胞染色质可及性数据分析模型scAGDE，该方法通过显式建模数据生成过程，能够同时学习表示和聚类。评估结果表明，scAGDE在细胞分离、可视化等方面优于现有方法，同时缓解了dropout的问题，揭示了潜在的染色质可及区域。scAGDE特别能够识别候选增强子区域，阐明复杂的调控景观，发现可能调控免疫细胞中CTLA4的持续性表达和CD8A转录动态的增强子。应用于人脑组织时，scAGDE成功注释了由顺式调控元件确定的细胞类型，并揭示了谷氨能神经元的功能多样性和调控机制。

嘉宾简介：

李向涛，吉林大学人工智能学院教授，国家级青年人才，入选了《麻省理工科技评论》“中国智能计算创新人物”，连续五年入选全球前 2%顶尖科学家榜单，主持国家自然科学面上基金和青年基金，纵向经费累积达到600万元。近年来以第一作者或通讯作者在Nature Communications （3篇）、Advanced Science（6篇）、Nucleic Acids Research（1篇），Bioinformatics，PLoS Computational Biology，IEEE Transactions on Cybernetics，AAAI等期刊和会议发表论文150余篇。研究方向包括AI4Science，单细胞及空间转录组数据分析，蛋白质与RNA动态预测。根据Google Scholar统计，论文被引用4300余次，H-index=35。其中单篇引用最高次数300次，9篇论文引用次数超过100次。带领团队以第一完成人及第二完成人完成省级自然科学学术成果奖各一项。也是NeurIPS 2024 (Area Chair)及多个国际SCI期刊BMC Biology (中科院一区), BMC Bioinformatics (CCF C), BMC Genomics副主编或编委。

报告题目：染色质锚点区域的全基因组沉默子识别

报告摘要：沉默子是一种抑制基因转录的顺式调控元件，在转录调控中发挥重要作用。识别沉默子的实验方法难度大、成本高、耗时长，基于基因组序列的计算方法已经成为有效的替代方案。实验证据显示一些沉默子位于染色质环锚点上，通过染色质环抑制基因转录。我们假设位于染色质环锚点上的沉默子通过染色质环抑制基因转录。在此基础上，开发了基于调控元件接触网络的沉默子计算识别算法SilenceREIN。SilenceREIN结合卷积神经网络和图神经网络，同时利用DNA序列特征，表观标记和染色质构象特征识别沉默子。我们利用SilenceREIN方法在全基因组规模上识别了位于染色质锚点区的沉默子，并与染色质状态分析软件的结果进行了对比。结果表明，SilenceREIN在染色质锚点区的沉默子识别上具有更好的性能。

嘉宾简介：

杜朴风，天津大学，智能与计算学部，副教授。中国计算机学会生物信息学专委会委员，中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会委员。主持国家自然科学基金项目3项，发表生物信息学领域学术论文70余篇。

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